C'est probablement l'un des deux abbés du même nom, Garin ou Randulphe de Commarque qui batit un donjon à Commarque dans le dernier tiers du XIIème. Au XIIIème siècle, les Beynac sont les seigneurs du castrum de Commarque qui englobe une agglomération, un donjon avec un logis, une chapelle et des maisons-tours tenues par des lignages de petite noblesse dont les Commarque.

Ces deux familles vont au cours du XIVème siècle acquérir l'ensemble des terres et droits des autres milites. L'alliance de Pons de Beynac, en 1379, avec l'héritière des seigneurs de Beynac donne au seigneur de commarque la châtellenie de Beynac et ses dépendances.

Durant la guerre de cent ans, les Beynac restent de fidèles alliés de la France et le château ne tombera jamais entre les mains des Anglais. Sorti affaibli de la guerre, les Beynac embrasseront la cause protestante lors des guerres de religions. Le château, déja deserté par les familles résidentes, subit des dégradations suite à ses sieges successifs. Le dernier châtelain à habiter à Commarque, Guy de Beynac, meurt en 1656 et le château est abandonné définitivement au XVIIIe pour finir en ruine un siècle plus tard.

En 1968, Hubert de Commarque achète les ruines de ses ancêtres et se consacre à la consolidation et la restauration de ce magnifique lieu.